тут особо спорить нет повода.
Во первых, ГИБДД легко может аннулировать любой ПТС, вернее не аннулировать, а признать недействительным.
В соответсвии с п. 72 Приказа МВД России N 496, Минпромэнерго России N 192, Минэкономразвития России N 134 от 23.06.2005 - "Выданный паспорт признается недействительным подразделением Госавтоинспекции по месту регистрации транспортного средства в случае, если впоследствии документы, на основании которых выдан этот паспорт, признаются поддельными (подложными) либо недействительными (необоснованно выданными)."
Во вторых, таможне не обязана проверять сертификаты, может, но не обязана.
В третьих, Госстандарт не может признать сертификат подложным, это прерогатива суда. И более того, раньше вполне применялась схема, когда таможня принимала решение об экологическом классе по совпадению по 9 знаков VIN растамаживаемого авто и имеющегося в базе серта на другое авто. Было совместное письмо в свое время Росстандарта и ФТС на эту тему.
Ну в четвертых, решить эту проблему сейчас можно, сделав СБКТС и с ним восстановить регистрацию.