1. Коробка смотрит скорость по датчику оборотов выходного вала, и по спидометру (на сурфе - в приборке, на гранвии - не вдавался в подробности как реализовано). Можно подкорректировать спидометр/датчик скорости, чтоб переключалась позже, используя конвертер с дробным коэффициентом умножения/деления импульсов, корректировать скорее всего придется оба, чтобы не выпала 61 ошибка из-за разницы в показаниях скоростей.
2. Можно поставить пары более низкие, движку будет легче тащить машину на малых оборотах, и оставить всё как есть.
3. Можно поставить ЭБУ от дорестайлового 5VZ-FE (с соответствующим ДМРВ и косой, и пропеллером выходного вала АКПП), он штатно под трос линейного регулятора давления и без ШИМ на ГТ. У меня именно этот вариант с гидрораздаткой. Купил движок 2001г, снял с него косу, поставил ДМРВ И косу от Surf 185 1996г и ЭБУ 1997 года от Prado 90, ГТ от Гранвии 1999г который уже под ШИМ рассчитан, там фрикцион блокировки жирнее, гидромозг - от сурф 130 + шифт-кит, пропеллер на 4 лопасти (фрезеровали) и датчик выходного вала от Гранвии, приборка 4runner 130 троссовая, но там без разницы, можно с электронным датчиком и приборкой соответствующей.
PS:Извиняюсь за длинные предложения, устал сегодня...